يتكون الهيكل التنظيمي لفرع الهجرة والجوازات والجنسية بالوادي والصحراء لمحافظة حضرموت بما في ذلك جوازات مطار سيؤن وجوازات منفذ الوديعة التابعين للفرع مالياً وإدارياً وفقاً والآتي :-
مدير الفرع .
نائب المدير .
مدير جوازات منفذ الوديعة .
مدير جوازات مطار سيؤن .
الشئون العربية والأجنبية .
الإحصاء والتخطيط .
الشئون المالية والإدارية .
التحقيقات  .
وثائق  السفر .
الكمبيوتر .
المخازن .
السكرتارية والأرشيف .