1) فرع إدارة الرقابة والتفتيش .
2) فرع إدارة الشئون القانونية .
3) فرع إدارة التخطيط والمعلومات .
4) فرع إدارة العلاقات والتوجيه المعنوي .
5) السكرتارية .
وأوكلت مهام هذه الإدارات إلى ضباط وفقاً والخبرة والكفاءة وتمارس هذه الفروع مهامها بموجب اللوائح الداخلية وبدرجات متفاوتة من الأداء لعدم التأهيل من ناحية والحداثة ونقص الإمكانيات من ناحية أخرى .
( ) امن المديريات والمناطق :ـ
أ) امن المديريات :
تعتبر إدارات امن المديريات هي المحك الأساسي للعمل الأمني في الواقع العملي والمباشر ، اذ هي الجهات الرئيسية التي تمارس مختلف المهام الأمنية مع الوحدات الأخرى ( النجدة ــ المرور ــ البحث .... الخ ) ولذلك من الأهمية بمكان اختيار قياداتها وكوادرها ( ذات صفات متميزة ) وعلى مختلف فئاتها العسكرية ودرجاتها العلمية .
ولهذا فقد عملت قيادة امن الوادي والصحراء على اختيار قيادات ذات كفاءات تتناسب وطبيعة المهام الأمنية لهذه الوحدات الإدارية . ليس هذا فحسب بل وتم تعزيز المؤسسة البشرية لأمن المديريات بالوادي والصحراء ما نسبته 40% من الإجمالي العام لقوة امن الوادي والصحراء .
ورغم هذا فإننا نتطلع إلى تعزيز إدارات امن المديريات بالقوى البشرية والوسائل المادية اللازمة وبما يتناسب مع ظروف كل مديرية ويمكنها بالتالي من أداء مهامها والاضطلاع بمسؤولياتها الأمنية . كما نسعى إلى تغطية الشاغر الأمني لمديرية زمخ ومنوخ ومديرية حجر الصيعر حال ما تتوفر الإمكانات لذلك .
ب) إدارة امن مطار سيئون :
جاءت أهمية إنشاء إدارة لأمن المطار بعد أن تم تنفيذ سفلتت مدرجه والقيام برحلات دولية منه واليه وإعطاء الصفة الدولية ، وتماشياً مع ذلك جاءت الأهمية والضرورة لإنشاء إدارة امن فاعله فيه تتولى مهامها إلى جانب الجهات الأمنية والعسكرية والمدنية الأخرى . ولذلك تم تأسيس الإدارة وعززت بالكادر اللازم ( ضباط وأفراد ) وجاءت في ذات الوقت أهمية إنشاء  قسم الجوازات بالمطار .
ج) إدارة امن منفذ الوديعة :ـ
تعتبر إدارة امن المنفذ حديثة التكوين ، إذ تم افتتاح المنفذ في 29سبتمبر 2003م وما زالت في طور الإنشاء وتنقصها العديد من المتطلبات والمستلزمات البشرية والمادية والكادر التخصصي والقانوني .
أن افتتاح المنفذ البري الدولي ( العبر ــ الوديعة ) مع المملكة العربية السعودية يعتبر من أهم الانجازات في هذه المنطقة لما يقدمه من تسهيلات للأخوة المغتربين اليمنيين المقيمين في السعودية ولغيرهم من الإخوة الزوار من و إلى الوطن .
2)فرع الإدارات والمصالح :
أ) فرع مصلحة الأحوال المدنية والسجل المدني :
أنشئ كغيره من الفروع وتم استحداث أقسام مقابلة له في مختلف المديريات . ويتولى الفرع الإشراف القانوني والمالي على عمليات الصرف للوثائق ، وخلال السنوات الماضية (99م ــ 2004م) تم فتح عدد (5) أقسام للأحوال المدنية في كلاً من ( م/ثمود ــ م/رخيه ــ م/رماه ــ م/حجر الصيعر ــ م/عمد )
ب) فرع مصلحة الهجرة والجوازات والجنسية :ـ
يعمل الفرع سابقاً كقسم تابع لفرع المصلحة بعاصمة المحافظة (المكلا) ، وقبل وجود شبكة الكمبيوتر وإصدار الجوازات المقروءة آلياً ترسل الجوازات الجديدة إلى فرع المصلحة بالمكلا وبقي الحال كذلك حتى تم تركيب وتشغيل شبكة الكمبيوتر لفرع المصلحة بالمكلا وبقي الحال كذلك حتى تم تركيب وتشغيل شبكة الكمبيوتر لفرع المصلحة بالوادي وافتتاحها رسمياً في مايو 1998م ومرتبطة بالشبكة الرئيسية في صنعاء ، حتى اصدر الاخ / وزير الداخلية قرار رقم (56) لعام 1999م القاضي بربطها برئاسة المصلحة بصنعاء مباشرة ، واستمرت جهود المتابعة لإنشاء شبكة مقابلة لقسم جوازات المطار حتى تم إنشائها وتشغيلها في يونيو 2002م وجاء قرار وزير الداخلية رقم (56) لعام 2003م والخاص بتشكيل لجنة إثبات الجنسية بمديريات الوادي والصحراء لتجسيد الأهداف السامية ، وبعد متابعة وجهود بذلت لتحقيق ذلك ، وعززت الإدارة الكوادر المؤهلة اللازمة كغيرها من الفروع .
ج) فرع مصلحة السجون :ـ
تماشياً مع قرار مجلس تغير وضع سجن سيئون مع سجن احتياطي إلى سجن عام وربطه مباشرة برئاسة مصلحة السجون بالجمهورية في عام 1999م . وتنفيذاً لذلك عزز بالقوة البشرية والمادية اللازمة بما يحقق الحماية للسجناء ويؤمن نقلهم من السجن العام إلى النيابات والمحاكم وتم توفير الآليات والمعدات اللازمة له بالتنسيق مع رئاسة مصلحة السجون ــ صنعاء ، ويجري تنفيذ مشروع بناء إصلاحية جديدة للمصلحة بالحوطة م / شبام وفق احدث المواصفات وسينتهي العمل فيها خلال السنوات الثلاث القادمة .
د) فرع إدارة الدفاع المدني :
وتم استحداثها وتوفير بعضاً من أسس تكوينها ( المادية والبشرية ) ويتم السعي إلى توفير بقية متطلباتها المادية لتقوم بمهامها بالصورة المطلوبة ولتحقق الغايات والأهداف من إنشائها . وتم مؤخراً تعيين كادرها القيادي المتخصص وعززت بالقوة البشرية ويبقى رفع الجاهزية المادية وتوسيع نشاطها من أولى المهام الماثلة أمامنا .
(3) شئون الأمن :ـ
أ) فرع إدارة البحث الجنائي :ـ
أعطى هذا الفرع عناية خاصة لما له من دور كبير في كشف القضايا الجنائية وملاحقة الجناة وجمع المعلومات عنهم والقبض عليهم وتقديمه إلى العدالة ورصد التحركات المشبوهة ويتم تعزيز كوادره كلما سنحت الفرصة وتطوير أقسامه المختلفة الداخلية بالكادر والوسائل وكذلك أقسام البحث بالمديريات وقد تم فتح إدارة جديدة للأدلة الجنائية وفقاً وقرار فخامة الأخ / رئيس الجمهورية بإنشاء إدارة عامة للأدلة الجنائية بوزارة الداخلية وتكليف عنصر مؤهل للقيام بمهام هذه الإدارة ، مع الحدة المتنقلة للتكنيك الجنائي .
ب) فرع شرطة النجدة :ـ
تم الاهتمام بتطوير الفرع من حيث القوى والوسائل وتوسيع نطاق عملها بتكثيف الدوريات في عاصمة الوادي ( سيئون ) على مدار الساعة ، ومرابطة طقم مسلح بنقطة الكهرباء (قريو) م/شبام بالإضافة إلى إسناد حراسة بعض النشئات إليها حتى بلغت (18) منشئاه من بينها نيابة استئناف سيئون والنيابة الابتدائية ومحكمة سيئون الاستئنافية والمحكمة الابتدائية وبعض البنوك ومطار سيئون ومحطة كهرباء الوادي ومؤسسات أخرى ، وكذلك تأمين مختلف الفعاليات والأنشطة الاجتماعية في مختلف المناسبات وتأمين الوفود على مختلف مستوياتها ، وتعزز المديريات عند الضرورة الأمنية وارتفع مستوى جاهزيتها إلى 80% .
ج) فرع إدارة حراسة المنشئات وحماية الشخصيات :
وهي من أوائل الإدارات المستحدثة ولحداثتها ونقص القوة البشرية عموماً فهي حالياً لا تؤدي إلا دوراً إشرافياً انضباطياً على كافة الخدمات الأمنية .
( حراسة المنشئات ) التي تنفذها ميدانياً وحدات أمنية وعسكرية أخرى .
د) فرع إدارة الشرطة السياحية :
وهي واحدة من الإدارات المستحدثة وتم فصلها في عام (2000م ) عن إدارة حراسة المنشات وحماية الشخصيات وتمارس مهامها بجدارة واقتدار وتوفر الحماية اللازمة للسياح الوافدين إلى الوادي و لبعض المنشئات السياحية .
هـ) فرع إدارة الاتصالات :ـ
لما لهذه الإدارة من أهمية أمنية لا تقل عن غيرها من الإدارات ان لم تكن في مقدمتها ، ولذلك حظيت إدارة الاتصالات برعاية واهتمام متميز وتحققت الكثير من الانجازات ، إذ تم تغيير معظم الأجهزة القديمة بأخرى جديدة تتواكب مع التطور في التقنية وتغطي شبكة الاتصالات جميع المديريات وتم توفير وتركيب أجهزة على آليات بعض الفروع الأمنية ( النجدة ـ المرور ـ السياحة ـالبحث ـ أمن م/سيئون ـم/ شبام ) كما تم توفير أجهزة اتصال لغرفة عمليات امن الوادي وعمليات فرع شرطة النجدة وكذا عمليات فرع إدارة مرور الوادي ، بالإضافة إلى الأجهزة اليدوية . واستحدثت فروع في معظم إدارات امن المديريات بأقسام مقابلة وخصوصاً التي لم تتوفر بها من قبل . وبالإضافة إلى أجهزة الاتصال اللاسلكية فقد تم ربط خدمة الهاتف الثابت إلى معظم إدارات امن المديريات والفروع الأمنية الأخرى .
و) فرع إدارة العمليات :ـ وهي من الإدارات الهامة إذ هي بمثابة العصب الناقل لحيثيات نشاط كافة فروع الإدارات والمصالح والعمليات الشرطية إلى قيادة امن الوادي وقيادة امن المحافظة واستلام التوجيهات القيادية وعكسها إلى المختصين بفروع الإدارات والمصالح وامن المديريات . ولذلك تم تعزيزها بكوادر (ضباط وصف وأفراد ) من ذوي الكفاءة والخبرة والحنكة . وقد رأت القيادة انه من الضرورة بمكان إنشاء وتأسيس غرفة للسيطرة الأمنية بقيادة الأمن . وتزود بكافة المعلومات الهامة ، ففي العام 2001 م تم انجازها وزودت بما تحتاجه من خرائط ومعلومات ومراجع وإرشادات وكذا مجسم لمدينة سيئون وتم توفير جهاز كمبيوتر خاص لرصد وتوثيق المعلومات بما فيها الرقم الوطني بعد الانتخابات البرلمانية لعام 2003 م ..
ز) فرع إدارة المرور :
أهلت من إدارة مرور م/سيئون سابقاً وتؤدي مهامها المختلفة كاملة وتم فتح أقسام جديدة مقابلة لها في كلاً من : (1) م/تريم (2) م/ شبام (3)م/ حوره (4) م/سيئون (5) م/القطن .
وقد أسفرت المتابعة مع قيادة الوزارة والإدارة العامة للمرور عن توفير بعض الآليات والمعدات الأخرى إلا أنها لم تحقق المستوى الأدنى من الحاجة إلى مثل ذلك .
(4) شئون الشرطة :ـ
أ) فرع إدارة المالية :
هي أيضاً من الإدارات المستحدثة وتمارس مهامها بجدارة كما يمارس ممثل للوحدة المحاسبية مهام إشرافية ورقابية محاسبية على جميع أوجه الصرف للمخصصات المالية وبصورة دائمة ومستمرة بإدارة الأمن بالإضافة إلى قيام ممثل الوحدة المحاسبية بأعمال الفحص والرقابة على العمليات الحسابية والمخزنية المختلفة (صرف وإيراد ) لإدارة مرور الوادي والصحراء م/ح .
ب)فرع إدارة شئون الضباط :ـ
تم فصلها عن إدارة شئون الضباط والأفراد لتولى كافة المهام الإدارية الخاصة بضباط الأمن بالوادي والصحراء م/ ح وتم فتح الملفات والسجلات الخاصة بمهامها .
ج) فرع إدارة شئون الأفراد :
تتولى مهامها الإدارية والتنظيمية وفقاً واللوائح الداخلية فيما يخص الأفراد وتنظم ملفاتهم الشخصية وإعداد الأوامر الإدارية بشان كافة الإجراءات الإدارية الخاصة بالأفراد ( اجازات ، تنقلات ،.......الخ).
د) إدارة التدريب والتأهيل :ـ
تم تأسيسها واستحداثها وتؤدي مهامها بموجب اللوائح التنظيمية بإعداد وتنفيذ برامج تدريب ميداني وإعداد البرامج التدريبية التخصصية والإشراف على تنفيذها ومتابعة الإدارة العامة للتدريب والتأهيل للحصول على الدورات التخصصية التاهيلية في الداخل والخارج . وتم تأهيل عدد ثلاثة ضباط في دورات خارجية خلال الفترة الماضية .
هـ) فرع إدارة الإمداد والتموين :  
تم تأهيل وتطوير هذا الفرع من إمداد م / سيئون وعزز بالكوادر اللازمة ( ضباط وأفراد ) وتأسيس أقسام داخلية وارتبط مباشرة بالإدارة العامة لإمداد و / د وفصله عن إمداد امن المحافظة بواسطة لجنة من قيادة الوزارة وتم فتح أقسام مقابلة له بأمن المديريات جميعها وكذا فروع الإدارات والمصالح خارج إدارة الأمن بالوادي.
وتم إنشاء ورشة لصيانة السيارات ووفرت لها بعض المعدات وعززت بالفنيين وتم إعادة تشغيل محطة الوقود ونظمت المخازن والسجلات وحصرت ممتلكات الوزارة .